Advanced Principles of Proteomics

蛋白质组学的高级原理

作者：Steven Tiff

出版：CALLISTO REFERENCE

索书号：Q51/A244t/2019/ Y

ISBN: 978-1-64116-157-2

藏书地点:武大外教中心

蛋白质组是指的是由生物体或系统产生的一整套蛋白质。因为生物体所承受的要求和压力的变化，它可能会发生变化。蛋白质的研究是在蛋白质组学学科下进行的。抗体蛋白质检测、无抗体蛋白质检测、杂交技术和高通量蛋白质组学技术是用于蛋白质检测和分析的突出方法。蛋白质组学的研究有助于新药的发现和对复杂的植物——昆虫相互作用的理解。本书是蛋白质组学领域最重要的概念和新兴趋势的章节汇编。对各种最新的观念进行了深入研究，并详细研究了其应用及其影响。本书内容广泛，为读者提供了对主题的透彻理解。

在过去十年中，基因组分析已被引入癌症研究，并取得了不同的成功。然而，人们已经认识到，孤立的基因组技术不足以研究致癌发生的复杂途径，这导致了蛋白质组学技术的应用，这些技术允许对复杂的蛋白质混合物进行可靠的分析。本文综述了蛋白质组学的基本原理，目前蛋白质组学中采用的方法，包括二维凝胶电泳（2-De）和质谱（MS），以及蛋白质组学在癌症研究中的应用。目前，蛋白质组学技术已用于癌症研究的两个主要领域：早期诊断和治疗（包括预测对治疗的反应和靶向新型癌症药物）。两者的初步结果体外和体内研究令人印象深刻。这些技术，特别是与基因组分析相结合，将为致癌的分子基础和更有效的抗癌疗法的发展提供有价值的见解。

今天，支持科学出版物中所有相关蛋白质组学数据都可以在公共蛋白质组学数据存储库中提供。然而，鉴于临床蛋白质组学研究数量的增加，一个重要的新兴话题是临床的管理和传播，从而关系到潜在的敏感人类蛋白质组学数据的保存问题。在美国和欧盟，都有保护个人隐私的法律框架。为基因组学和转录组学中公开发布的研究数据实施隐私标准，这能控制谁可以访问数据的过程，即所谓的“受控访问”数据。随着该领域的技术发展，很明显，共享蛋白质组学数据的隐私风险需要得到适当的评估和管理。我们认为，蛋白质组学界必须积极主动地解决这些问题。然而，必须保持谨慎的平衡。一方面，忽视解决人类蛋白质组学数据中可识别性的潜力可能导致该领域的声誉受损，而另一方面，为开放获取临床蛋白质组学数据设置障碍将不可避免地减少蛋白质组学数据的重用，并可能大大延迟生物医学研究中的关键发现。为了平衡这些明显相互矛盾的数据隐私要求，以及通过共享临床蛋白质组学数据来有效使用和重用研究工作，需要在不同层面进行开发工作，包括生物信息学基础设施，决策和监督机制。

牛奶是一种复杂的蛋白质混合物，可以通过聚丙烯酰胺凝胶电泳和二维凝胶电泳（2DE）与质谱技术相结合，在多方面混合物中即时分析。自从蛋白质组学技术的进步以来，将主要蛋白质/肽指定为乳制品行业的强大工具，被认为是完成二十年前未被发现的主要代谢途径的强大工具。在牛奶蛋白成分的研究领域，蛋白质组学技术的阐明至关重要，以优化加工和储存参数。这些技术通常被认为是耗时的协议，仍然在详细生成有关早期未识别蛋白质的有价值信息。随着乳制品行业先进的蛋白质组学技术的出现，被证明是具有广泛应用的有前途的工具。本章描述了先进的蛋白质组学方法在牛奶和乳制品中的发展和应用，并关注了同意研究以前未识别的酶机制的新策略。

SWATH-MS（所有理论片段离子谱质谱的顺序窗口采集）是一种用于量化蛋白质组动力学的新兴分析技术。SWATH-MS方法的特点是采用独立于数据的采集（DIA）方法，然后采用新颖的靶向数据提取方法。简而言之，在SWATH模式下获得所有肽前体离子的整个集合的完整片段离子图，而无需预选（MS1全扫描）。随后将一系列具有25 m/z分离窗口的32个MS2扫描，记录峰组的色谱洗脱痕迹，随后引入靶标分析。该分析使用基于MS2的定量方法根据其独立的强度分析所得的片段离子数据集，从而为蛋白质定量提供连续信息。因此，SWATH-MS中肽的定量分析由MS1和MS2水平的提取离子色谱图支持。此外，SWATH-MS鉴定的结果具有更高的可重复性和一致性，加上靶蛋白质组的覆盖范围更广和检测灵敏度更高，为进一步的功能验证提供了更多的靶蛋白或途径。SWATH-MS的这些优势源于回顾性靶向片段图以监测感兴趣的肽，以及可扩展的光谱和虚拟文库。结合在一起，这些特性有助于在单个分析实验中进行蛋白质组学定量的卓越能力，特别是对于鉴定低丰度蛋白质的更高灵敏度。已经开发了其他策略来准确鉴定具有实质性翻译后修饰（PTMs）的肽，包括泛素化，糖基化，磷酸化和甲基化。

《蛋白质组学的高级原理》一书于2019年由CALLISTO REFERENCE出版，作者是Steven Tiff。

《蛋白质组学的高级原理》一书中，研究人员介绍了生理学和医学建模的基本概念，重点是最近的技术发展，讨论的主题主要包括十七个章节。《蛋白质组学的高级原理》一书从各个方面讲解了生理学和医学建模的基础内容和研究方法，旨在为想要进一步研究生理学和医学建模的研究人员提供简明易懂的介绍以及方法技术指导。

《蛋白质组学的高级原理》一书作为生理学和医学建模专业研究读物，观点新颖独到，内容饱满详实、语言浅显易懂，除此之外，还包括一些其他的特点：

1、本书分为十七个章节，既讲解了生理学和医学建模的基础知识，还讲解了深入研究生理学和医学建模的应用范围，是一本应用性很强的书籍，对于想要学习研究生理学和医学建模的研究人员来说是一本很有意义的指导书籍。

2、每个章节都是由相关领域的专业人士所撰写，因此，本书讲解既详细又专业，读者能够从中了解到生理学和医学建模相关的专业知识以及最新的前沿进展。

总的说来，《蛋白质组学的高级原理》一书为想要了解生理学和医学建模的研究方法的人员提供了清晰的导读路径，作为生理学和医学建模领域的一本前沿研究图书，是一本值得为想要涉足该领域的人员推荐的专业书籍。

本书目录：

第一章骨髓性白血病细胞系对阿霉素耐药反应差异蛋白的比较蛋白质组学分析

石青红、高申、宋丽娜、赵月明、李小鸥、吴建林、何成岩、李红军、赵海峰

第二章肾上腺胚胎发育的蛋白质组学特征揭示了类固醇代谢的早期启动和维甲酸途径的减少

格里·H·邓希，格哈德·米勒，阿卜杜勒·阿西夫，马尔瓦·埃尔托维斯，约翰内斯·韦塞尔斯和哈桑·迪哈齐

第三章胶质母细胞瘤的定量蛋白质组学初步分析伪进展

鹏张，正光国，张家，张志贤高，南吉，王丹琪，邹丽丽，孙伟，张丽伟

第四章肉仔鸡腹部脂肪组织蛋白质组学的比较分析

吴春燕，吴媛媛，刘春东，王玉祥，魏娜，王宁，李辉

第五章亚洲棉附着纤维胚珠在纤维伸长过程早期的蛋白质组学比较分析

张兵，杜少军，胡珏，苗迪，刘金元

第六章蛋白质组分析揭示了沙棘的耐寒性生长

何彩云，高国日，张建国，段爱国，罗红梅

第七章基于肌原纤维含量蛋白质组学分析及相关研究冬眠比目鱼肌中蛋白水解蛋白

常辉，蒋善峰，党凯，王慧萍，徐申辉，云芳

第八章基于蛋白质组学的水牛(Bubalus bubalis)和山羊(Capra hircus)肉的4-羟基-2-壬烯醛诱导氧化的表征方法肌红蛋白

Naveena B. Maheswarappa, K. Usha Rani, Y. Praveen Kumar，维纳亚克·库尔卡尼和斯里坎特·拉波莱

第十章哺乳过程中人类和牛奶蛋白质组的交互组学概述

张丽娜、阿尔特·范迪克、卡斯珀·海廷加

第十一章过度放牧诱导绵羊(Ovis aries)肝脏蛋白质组的改变:基于itraq的定量蛋白质组分析

任微博，侯向阳，王玉清，Warwick Badgery，李喜亮，丁勇，郭慧琴，吴子年，胡宁宁，孔令启，常春，江超和张纪泽

第十二章卵壳膜蛋白谱

N. C.拉斯，R.利亚纳格，S. K.马克卡尔和J. O.莱

第十三章从疟疾阳性血样中分离的微粒蛋白质组学分析

Samuel Antwi-Baffour, Jonathan Kofi Adjei, Francis Agyemang-Yeboah，马克斯·阿纳尼-阿科洛尔、兰斯福德·凯雷梅、乔治·阿武库·阿萨雷和本·吉安

第十四章不同纤维化阶段HBV感染肝活检的蛋白质组学分析

塞玛·卡特林利、卡米尔·厄兹迪尔、阿卜杜拉赫曼·萨欣、奥古詹·奥祖克、戈兹德·基尔、艾哈迈德·塔里克·贝卡尔、埃梅尔·阿克贡、奥马尔·希南·萨拉克、穆罕默德·索克门、H·莱文特·多纳伊和吉泽姆·丁勒·多纳伊

第十五章过氧还蛋白V与缺氧小鼠肾脏中二氢脂酰胺支链转酰基酶E2 (DBT)的相互作用

安善熙，杨熙荣，陈家富，权若夫，孙圭烈，苏熙金，seungong Dinh, Seunggon Jung, Ha-Mi Lee, kyoung - Cho和Tae-Hoon李

第十六章尿液蛋白质组学分析揭示了急性期反应蛋白作为前列腺癌候选诊断生物标志物

卡塔琳娜·达瓦利耶娃，桑贾·基普里扬诺夫斯卡，塞利姆·科米纳，戈尔达纳·彼得鲁塞夫斯卡。娜塔莎·乔克雷夫斯卡·佐格拉夫斯卡和莫米尔·波莱纳科维奇

第十七章幼、成、老龄大鼠嗅球蛋白质组的个体发生研究

米高•格尔安德里亚斯·瑞，格雷·穆兹鲍尔和奥利弗·施密特

权限

列表的贡献者

林岚 武汉大学生命科学学院 博士研究生